多样性分析

• 群落多样性主要指群落中所包含的物种数目和物种个体数的分布特征。
  主要包含：

1. 物种丰富度，species richness：群落中物种数目的多少
2. 物种均匀度，species evenness：群落中每个物种的个体数目的分配情况，反应各个物种个体数目的均匀程度。

• 分类
  α多样性
  β多样性

α多样性

α多样性：主要指栖息地或群落中的物种多样性，关注局域生境下的物种数目和丰度，因此也被称为生境内的多样性（within-habitat diversity）。

Chao1指数

Chao1指数为广泛使用的丰富度指数之一，为物种丰富度的理论估计值

Sobs：观测到的物种数
n1：表示singleton ，只观测到1次的物种数目
n2：表示doubleton，观测到2次的物种数目

ACE指数

ACE指数全称为Abundance-based Coverage Estimator metric ；是利用修正因子对物种丰富度的估计值。通过低丰度物种估算还有多少没发现的物种。

n1：表示singleton数目，只观测到1次的物种数目
Sabund：高丰度物种数目，一般是丰度超过10个
Srare：低丰度物种数目，丰度小于等于10个
Cace：低丰度物种中非singleton所占比例
γ2ace：变异系数

Shannon指数

香浓-威纳指数（Shannon-Wiener）指数借用了信息论方法，在群落多样性的测度上，预测下一个个体属于什么物种，如果群落的多样性程度越高，其不定性也就越大。量化了从数据集中随机抽取的个体物种身份的不确定性。

Pi：物种