Linux实用基础1

2023-07-07 02:57 浏览:548 搜索引擎搜索“手机速企网”
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生信入门 linux实用基础1 2 3

Linux实用基础1
Linux实用基础2
Linux实用基础3 find grep awk sed xargs

生信入门 R实用基础1 2

R实用基础1——基本设置与操作
R实用基础2——常用数据处理命令

命令帮助文档查看
--help \info\man 按q退出

1. 目录和文件操作

cd ls tree mkdir touch seq jot rmdir rm cp mv rename ln wget curl

记住要善用tab键 : 补齐目录名称、补齐操作名称
cd目录切换

cd - #返回上次所在目录 cd 或 cd ~ #返回home目录 cd .. #返回上级目录 cd . #当前目录

ls查看文件信息（参数可结合使用，如ls -la）

ls -l #按列列出文件内容（可简写为ll） ls -a #列出包含隐藏文件在内所有文件 ls -1 #强制为单栏输出 ls -r #倒置顺序查看 ls -R #将目录下所有文件递归列出（全部列出 ls -S #由大到小排序 ls -s #列出文件大小 ls -t #按时间排序 ls --help #获取帮助

tree：显示目录结构
Ubuntu 中需要先安装tree命令 sudo apt-get install tree

tree ./ #以树形结构显示当前目录结构

mkdir -p 004/005/006 #创建多层级目录 touch a.txt #创建文件 touch {1..10}a.txt #创建10个文件1-10a.txt jot /seq 10 #创建一系列数字1-10 jot -r 100 1000 #创建100-1000之间的随机数 mv ../1.txt ./ #移动文件或目录 mv 1.txt 2.txt #重命名文件或目录 rmdir #删除空目录 rmdir -p #删除空目录及其上级空目录如 rmdir -p a/b/c相当于rmdir a/b/c a/b a rm -rf ./tmp #强制删除目录及内容（最常用） rm -rf !(*.sra) #删除除了.sra文件外的所有文件

rename可批量化处理修改文件名
Ubuntu 中需要先安装sudo apt install rename

#常用参数： -v 表示会显示修改成功的文件名； -n 则表示不执行任何操作，主要用来测试rename过程，并不直接运行，可以查看测试效果后，然后再运行； -f 则表示会强制修改 #将当前文件夹中所有文件名中的（）去掉 rename -v 's///' *

ln -s ../data/ ./ #在当前文件夹创建上级中data文件夹的软链接 cp *.doc 001 将doc文件复制到001目录 cp -r 003/ v007/ 将目录003复制到007目录 #cp其他常用参数： -a #相当于-prd，通常在复制目录时使用，它保留链接，文件属性，并复制目录下所有的内容， -p #除复制文件的内容外，还把修改时间和访问权限也复制到新文件中 -r #复制目录下的所有子目录和文件 -d #如果来源文件为链接，就复制链接属性 -l #创建链接文件而不复制 -s #复制为快捷方式

文件下载：wget/curl + 下载链接

2. 文件内容查看

paste cat echo more less head tail xdg-open eog

paste、cat文件内容展示拼接

cat 1.txt 2.txt #将不同文件按照先后顺序接起来 cat -n 1.txt #显示行号 cat -A 1.txt #显示文件所有信息，包括换行符$ 回车符^M(需特别注意win系统会多出回车符 paste 1.txt 2.txt #可将不同个文件中的内容按照文件顺序从左往右排起来 paste -d ':' #指定":"为文件间的分隔符 cat 1.txt | paste - - - #将文件内容从左往右排为3大列

换行符与回车符
Windows中：回车符为 ‘\r’，回到行首；换行符为 ‘\n’，换到当前位置的下一行；
Unix系统中：觉得每行结尾加两个字符没有必要，故结尾只有换行符，即‘\n’;
Mac系统中：每行结尾只有回车符，即‘\r’。
echo屏幕输出

echo -e " hello \n hello" #输出内容（加上-e可以输出换行符\n）

more可显示浏览百分比
less可上下左右调整，功能更强大（常用）

less -N 每行添加行号 less -e 显示结束后自动离开 less -f 强制打开文件 less -i 忽略搜索时的大小写 less -S 文件内容对齐

head与tail

head -20 #显示头20行信息 tail同理 head -10 win.txt |cat -A #表示将文件头10行全部内容展示

xdg-open采取默认应用打开各种格式文件，如视频音乐网页等
eog命令查看图片文件

3. Vim编辑文件

详见vim编辑器和less命令实用操作

vim 文件名 #（若当前路径没有该文件，则会自动新建一个文件）

进入vim页面后按 i 或者 insert 键进入编辑模式，开始进行编辑修改操作;
修改完成之后点击Esc键即可进入命令提示行模式；
最下面的INSERT标志消失后输入：wq进行退出保存操作(:w表示保存，:q表示退出）

4. 文件压缩

gzip gunzip zip unzip bzip2 bunzip2 pigz unpigz

压缩文件查看可用zcat、less命令打开

gzip a.txt #压缩 gunzip a.txt #解压缩=gzip -d #常用参数： -c 或--stdout或--to-stdout 　#把解压后的文件输出到标准输出设备。 -k 或--keep 　#保留原始压缩文件。 -l 或--list 　#列出压缩文件的相关信息。 -r 或--recursive 　#递归处理，将指定目录下的所有文件及子目录一并处理。 zip a.txt.zip a.txt #（默认保留原文件）需先将新文件命名为.zip结尾 unzip解压缩 bzip2 a.txt ----------- a.txt.bz2 #压缩效率更高，但占用CPU更高 bunzip2解压缩

进阶版多线程压缩神器：pigz 、unpigz

-p #多线程 -c #表示打印到标准输出std， -k #表示压缩后不删除源文件 -0 to -9, -11 #设置压缩水平，值越大，压缩率越高，当然耗费的时间也就越长 -M --time #显示处理时间

.rar文件处理 ----使用RAR软件或rarlinux工具

5. 文件打包tar

tar -cvf ab.tar a b #将文件a,b打包成ab.tar。 c表示创建，v表示可视化过程，f必须

#常用参数： -xvf ab.tar #解包ab.tar (注意解包后原包文件还在) -xvf ab.tar a #只解包ab.tar中的a文件 -xvf ab.tar -C ss/ #-C（到指定目录）将文件解包到ss目录下 -tvf ab.tar #查看包内容（或者直接用less命令也可更方便查看 -rvf ab.tar append #追加append文件加进ab.tar包中 -uvf ab.tar a #更新追加包中已有的a文件（如果文件是压缩后的就不能追加和更新了）

实际运用中常常是打包压缩一块实现

tar -zcvf ab.tar.gz a b #打包压缩为.tar.gz结尾文件 tar -zxvf ab.tar.gz #解压缩.tar.gz结尾文件 tar -jcvf ab.tar.bz2 a b #打包压缩为.tar.bz2结尾文件 tar -jxvf ab.tar.bz2 #解压缩.tar.bz2结尾文件

6. 文件查找

locate find which whereis

locate（较常用） #查找文件，查找前最好更新本地数据库 sudo updatedb find ./ -name 'af*' #在当前目录查找以af开头文件 which #可定位可执行文件（命令）所在目录 whereis #定位文件所在目录：1二进制的 2源文件 3帮助文档 #输出信息包括1）命令本身所在目录 2）源文件目录 3）帮助文档目录

7. .bashrc系统设置文件

处于每个用户的默认目录~下的隐藏文件，在/etc/目录下为所有用户

cd
ls -la
vim .bashrc 其下可添加更改各项设置，在每次启动后可自动执行
source .bashrc 重新加载文件后即可应用等价于. .bashrc

# Source global definitions date #（开机显示日期） echo "Welcome to use Centos" #（开机显示标语） alias lla='ls -la' alias la='ls -a' #（个性化命令提示行设置命令 PS1="\[\e[37;40m\][\[\e[32;40m\]\u\[\e[37;40m\]@\h \[\e[36;40m\]\w\[\e[0m\]]\\$ " #或 # PS1='${debian_chroot:+($debian_chroot)}\[\033[01;32m\]\u@\h\[\033[00m\]:\[\033[01;34m\]\w\[\033[00m\]\$ '

8. chmod管理文件权限

第一列10字符表示权限情况
1. 第一个字符 l为链接文件 d为文件夹 -为普通文件
2. 后每三个字符分别表示文件所有者（属主）、同组用户和其他用户的权限
  rwx 可读可写可执行 r-x 可读可执行 --- 不可读写执行
用chmod 管理文件权限（change mode 缩写

注：5 应为可读可执行

chmod 700 a #表示让a文件只让属主可读可写可执行 chmod -R 644 temp/ #加上-R表示递归修改目录下所有文件权限 chmod -R 644 *.fna #使用通配符一次性修改目的文件权限

9. superuser权限

su exit sudo useradd passwd usermod groups userdel chown chgrp

普通用户切入root用户：su
退出root用户：exit
暂时性使用root权限： sudo

/usr/sbin 该目录下是只有superuser才能用的命令
用户、组的相关设置

useradd gene #添加用户名为gene passwd gene #设置用户gene的密码 groupadd bioinfo #创建组bioinfo usermod -G bioinfo gene #将用户gene加入组bioinfo中 groups gene #查看用户gene位于哪个组 userdel gene #删除用户gene useradd -d /home/gene -g gene -G bioinfo -p "111111" #一次设置用户登录目录，用户名，所属组，密码

root用户可用chown、chgrp命令可将文件目录划分给其他用户使用

chown gene gene/ #将gene目录属主改为用户gene chgrp bioinfo gene/ #将gene目录组名改为bioinfo

10. 软件安装 ① ② ③

① 源代码安装

例：
先网站下载压缩包 .tar.gz
解压包后进入软件文件，less INSTALL查看unix下安装方法
按说明依次运行 ./configure 、make、make install 命令完成安装

② 安装包安装

1) Debian和Ubuntu ： .deb包
sudo dpkg -i 包名字 #若-i改为-r则为卸载
2) Redhat和FC(如centos)： .rpm包
sudo rpm -i 包名字

③ apt/yum安装

Centos：

（sudo）yum install #安装软件，yum命令都是针对rpm格式包 yum remove #卸载软件 yum update #升级软件 yum list installed #列出已安装软件包 yum search #搜索资源库相关软件 yum list *qq* #列出名字包含qq的软件

Ubuntu：最新版本将apt-get 写成apt即可

（sudo） apt -y install #安装软件 sl（开火车）oneko（小猫） apt remove #卸载 apt update #更新可用软件包列表 apt upgrade #更新已安装的包 apt clean #清理安装包

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